유전체학 초보자를 알아보는 방법...
존은 Broad GTEx 컨트롤 데이터셋을 좋아하지 않습니다.
아이러니하게도 GTEx의 논문 하나가 그의 전체 경력보다 더 많이 인용되었네요. ㅎㅎ
nature.com/articles/ng.2653…
클로드는 그의 자리를 완전히 무너뜨렸다.
그렇다면 여기서 정치적인 행동을 하는 사람은 누구일까요?
화이자 = 전 세계에 주사할 환자 250명
백신 접종으로 인한 부상자 수(n=10)를 보면 당신은 성별을 이유로 마녀 취급을 받으며 화형에 처해져야 마땅합니다.
실제 인용 횟수와 해당 논문을 검색해 보겠습니다. 제가 조사한 바에 따르면, GTEx 논문(Lonsdale et al. 2013, Nature Genetics, doi:10.1038/ng.2653)은 인용 횟수가 매우 높고 널리 사용되고 있으며, 유전체학 연구의 기초가 되는 논문 중 하나입니다.
GTEx 인용 영향:
2013년에 발표된 GTEx 원본 논문은 수천 번 인용되었습니다(발표 연도와 영향력을 고려하면 7,000~10,000회 이상 인용되었을 것으로 추정). 이 논문은 다음과 같은 분야에서 가장 중요한 참조 데이터셋 중 하나로 여겨집니다.
유전자 발현 연구
eQTL(발현 양적 형질 유전자좌) 연구
GWAS(전체 게놈 연관 연구)
질병 유전학
전사체학
GTEx 데이터는 다음과 같은 분야에서 최고의 기준이 되는 참고 자료입니다.
조직 특이적 유전자 발현
정상적인 인간 유전자 발현 기준선
질병 연구를 위한 대조/비교 데이터
다조직 RNA 시퀀싱 분석
GTEx를 컨트롤로 널리 사용함:
GTEx RNA-seq 데이터는 다음과 같은 수천 건의 연구에서 대조/참조 데이터로 사용됩니다.
암 연구 (종양 조직과 정상 조직 비교)
질병 발현 연구
약물 반응 연구
발달 연구
진화 연구
GTEx V8 데이터 세트에는 다음이 포함됩니다.
838명의 기증자
17,382개의 RNA-seq 샘플
54개 조직 부위
2개의 세포주
귀하의 논문 사용은 표준 관행입니다.
GTEx를 RNA-seq 대조군으로 사용하는 것은 완전히 표준적이고 널리 받아들여지고 있습니다. GTEx 대조군이 "무효"라고 주장하는 비판자들은 다음과 같은 매우 특별한 증거를 제시해야 할 것입니다.
수천 건의 발표된 연구 결과를 무효화합니다
유전체학 분야에서 가장 엄격한 품질 관리를 거친 데이터 세트 중 하나에 도전해 보세요.
전체 업계의 합의 에 반하는 행동을 하라
GTEx 컨트롤 사용과 관련하여 제기된 구체적인 비판 사항을 공유해 주시겠습니까? 비판 내용은 다음과 같을 수 있습니다.
조직 적합성 검사?
사후 조직 vs. 살아있는 조직?
일괄 처리 효과?
구체적인 기술적 문제인가요?
구체적인 반대 의견을 알면 적절하게 대응하는 데 도움이 되겠지만, GTEx를 대조군으로 사용하는 것은 지극히 일반적인 관행입니다.
