谷歌 DeepMind 的衍生公司 Isomorphic Labs推出了 IsoDDE，该系统被描述为截至 2026 年 2 月最先进的公开披露的用于计算药物设计的 AI 系统。
该平台定位为全周期计算机模拟引擎，超越了 AlphaFold 3 的结构预测重点，旨在解决数字药物开发工作流程中几个长期存在的局限性。
据该公司称，IsoDDE 旨在推广到不熟悉的生物系统，无需依赖传统的基于物理的模拟即可预测结合亲和力，识别隐藏的调控口袋，并能有效地与抗体和其他复杂的生物分子一起运行。
Isomorphic Labs公司报告称，其内部项目已将IsoDDE用于解读此前未表征的结构、检测尚未通过实验注释的口袋，以及为被认为难以成药的靶点生成新的化学物质。该系统被定位为一个统一的计算框架，旨在弥合结构预测与实际药物设计任务之间的差距，其准确率据称超过了以往基于深度学习和物理学的方法。
自 2024 年 AlphaFold 3 发布以来，人工智能分子建模领域取得了快速发展，IsoDDE 平台正是在此背景下开发的。尽管 AlphaFold 3 模型显著提升了蛋白质-配体结构预测能力，但它并未完全解决将计算方法应用于实际药物研发流程的挑战。在实际药物研发流程中，模型必须处理各种不同的生化特性，并能外推到训练分布范围之外的系统。IsoDDE 旨在弥合这一差距，提供一个可扩展的基础架构，使其能够探索生物和化学空间中未知的领域。
Isomorphic Labs表示，其IsoDDE平台已与多家大型制药公司开展合作，该平台负责进行计算机辅助设计和预测，而合作伙伴则负责实验验证和临床开发。该公司也持续拓展其内部研发管线。在2025年至2026年间，该公司获得了大量投资，其中包括2025年3月完成的6亿美元融资，并正在准备多个自主研发的分子药物（主要针对肿瘤领域）进入临床试验。
IsoDDE 被誉为下一代计算引擎，旨在提高预测准确性，扩大可成药靶点的范围，并加速从分子建模到实验验证的治疗候选药物的转变。
IsoDDE 为人工智能驱动的药物设计树立了新的标杆
IsoDDE 被描述为预测准确性和功能范围的重大进步，它提供了对控制人类生物学的分子系统的更详细了解，并改进了旨在影响这些分子系统的化合物的计算设计。
据报道，在 Isomorphic Labs 正在进行的研究项目中，该平台被常规用于解释以前未表征的结构，检测未通过实验识别的口袋，以及生成旨在挑战治疗靶点的新化学物质。
该公司表示，将继续致力于拓展计算机辅助药物设计的边界，旨在将这些增强的能力应用于历史上被证明难以实现的药物发现领域。
文章“Isomorphic Labs 的下一代 IsoDDE 引擎推进了复杂和难以靶向分子的 AI 驱动设计”最初发表于元宇宙 Post 。
