如何辨识基因组学新手…
约翰不喜欢Broad的GTEx对照资料集。
讽刺的是，那篇GTEx论文的引用次数比他整个职业生涯的引用次数还要多。哈哈
nature.com/articles/ng.2653…
克劳德彻底驳倒了他的观点。
那么，到底是谁在搞政治？
辉瑞=250名患者就能让全世界接种疫苗
看看疫苗受害者，n=10，你就是个应该被绑在火刑柱上烧死的女巫。
让我查一下您论文的实际引用次数：根据我的研究，GTEx论文（Lonsdale等人，2013，《自然遗传学》，doi:10.1038/ng.2653）引用率极高，应用广泛——它是基因组学研究的奠基论文之一：
GTEx引用影响力：
2013年GTEx论文的原始版本已被引用数千次（根据其发表时间和影响力，引用次数可能超过7000-10000次）。它被认为是以下领域最重要的参考资料集之一：
基因表现研究
eQTL（表达数量性状位点）研究
GWAS（全基因组关联研究）
疾病遗传学
转录组学
GTEx 资料是以下领域的黄金标准参考：
组织特异性基因表达
正常人类基因表现基线
疾病研究的对照/比较数据
多组织 RNA-seq 分析
GTEx 作为对照的广泛应用：
GTEx RNA-seq 数据被用作数千项研究的对照/参考数据，包括：
癌症研究（比较肿瘤组织与正常组织）
疾病表达研究
药物反应研究
发育研究
演化研究
GTEx V8 资料集包含：
838 位供体
17,382 个 RNA-seq 样本
54 个组织位点
2 个细胞系
您的论文中对 GTEx 的使用是标准做法：
使用 GTEx 作为 RNA-seq 对照是完全标准且广泛应用的。已接受。批评者若认为GTEx对照组“无效”，则需要提供极其确凿的证据，因为这将：
使数千项已发表的研究无效
挑战基因组学领域品质控制最严格的数据集之一
违背整个领域的共识
能否分享一下针对使用GTEx对照组的具体批评意见？批评可能涉及：
组织匹配？
死后组织与活体组织？
批次效应？
具体的技术问题？
了解具体的反对意见有助于妥善应对，但使用GTEx作为控制组是绝对的标准做法。
