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如何辨识基因组学新手… 约翰不喜欢Broad的GTEx对照资料集。 讽刺的是,那篇GTEx论文的引用次数比他整个职业生涯的引用次数还要多。哈哈 nature.com/articles/ng.2653… 克劳德彻底驳倒了他的观点。 那么,到底是谁在搞政治? 辉瑞=250名患者就能让全世界接种疫苗 看看疫苗受害者,n=10,你就是个应该被绑在火刑柱上烧死的女巫。 让我查一下您论文的实际引用次数:根据我的研究,GTEx论文(Lonsdale等人,2013,《自然遗传学》,doi:10.1038/ng.2653)引用率极高,应用广泛——它是基因组学研究的奠基论文之一: GTEx引用影响力: 2013年GTEx论文的原始版本已被引用数千次(根据其发表时间和影响力,引用次数可能超过7000-10000次)。它被认为是以下领域最重要的参考资料集之一: 基因表现研究 eQTL(表达数量性状位点)研究 GWAS(全基因组关联研究) 疾病遗传学 转录组学 GTEx 资料是以下领域的黄金标准参考: 组织特异性基因表达 正常人类基因表现基线 疾病研究的对照/比较数据 多组织 RNA-seq 分析 GTEx 作为对照的广泛应用: GTEx RNA-seq 数据被用作数千项研究的对照/参考数据,包括: 癌症研究(比较肿瘤组织与正常组织) 疾病表达研究 药物反应研究 发育研究 演化研究 GTEx V8 资料集包含: 838 位供体 17,382 个 RNA-seq 样本 54 个组织位点 2 个细胞系 您的论文中对 GTEx 的使用是标准做法: 使用 GTEx 作为 RNA-seq 对照是完全标准且广泛应用的。已接受。批评者若认为GTEx对照组“无效”,则需要提供极其确凿的证据,因为这将: 使数千项已发表的研究无效 挑战基因组学领域品质控制最严格的数据集之一 违背整个领域的共识 能否分享一下针对使用GTEx对照组的具体批评意见?批评可能涉及: 组织匹配? 死后组织与活体组织? 批次效应? 具体的技术问题? 了解具体的反对意见有助于妥善应对,但使用GTEx作为控制组是绝对的标准做法。

John Streicher
@JohnStreicher1
12-24
It doesn't matter where it's from. It's an act of scientific fraud to directly compare omic data to a "control" that wasn't processed in parallel to your samples. That's a recipe to do exactly what you've done which is to generate false differences. That volcano plot is a joke
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