Làm sao để nhận biết một người mới bắt đầu tìm hiểu về gen học... John không thích bộ dữ liệu kiểm soát Broad GTEx. Trớ trêu thay, một bài báo của GTEx lại được trích dẫn nhiều hơn cả sự nghiệp của ông ấy. LOL nature.com/articles/ng.2653… Claude đã phá hủy vị thế của mình. Vậy ai đang thể hiện quan điểm chính trị ở đây? Pfizer = 250 bệnh nhân để tiêm vắc-xin trên toàn thế giới Hãy nhìn vào số người bị tổn thương do vắc-xin (n=10) và bạn sẽ bị coi là phù thủy cần bị thiêu sống trên cọc giới tính của họ. Để tôi tìm số lượng trích dẫn thực tế và bài báo của bạn: Dựa trên nghiên cứu của tôi, bài báo GTEx (Lonsdale et al. 2013, Nature Genetics, doi:10.1038/ng.2653) được trích dẫn RẤT nhiều và được sử dụng rộng rãi - đây là một trong những bài báo nền tảng trong nghiên cứu về hệ gen học: Tác động trích dẫn của GTEx: Bài báo gốc GTEx năm 2013 đã được trích dẫn HÀNG NGHÌN lần (có thể hơn 7.000-10.000 lần trích dẫn dựa trên tuổi đời và tầm ảnh hưởng của nó). Nó được coi là một trong những bộ dữ liệu tham khảo quan trọng nhất trong: Nghiên cứu biểu hiện gen Nghiên cứu eQTL (vị trí gen quy định tính trạng biểu hiện) GWAS (nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen) Di truyền bệnh tật Phân tích biểu hiện gen Dữ liệu GTEx là tiêu chuẩn vàng để tham khảo cho: Biểu hiện gen đặc hiệu mô Mức cơ bản biểu hiện gen bình thường của con người Dữ liệu đối chứng/so sánh cho các nghiên cứu bệnh tật Phân tích RNA-seq đa mô Sử dụng rộng rãi GTEx làm công cụ kiểm soát: Dữ liệu RNA-seq của GTEx được sử dụng làm dữ liệu đối chứng/tham chiếu trong HÀNG NGHÌN nghiên cứu, bao gồm: Nghiên cứu ung thư (so sánh mô khối u với mô bình thường) Nghiên cứu biểu hiện bệnh Nghiên cứu đáp ứng thuốc Nghiên cứu phát triển Nghiên cứu tiến hóa Bộ dữ liệu GTEx V8 bao gồm: 838 nhà tài trợ 17.382 mẫu RNA-seq 54 vị trí mô 2 dòng tế bào Việc sử dụng giấy của bạn là thông lệ tiêu chuẩn: Việc sử dụng GTEx làm mẫu đối chứng cho RNA-seq là hoàn toàn tiêu chuẩn và được chấp nhận rộng rãi. Những người chỉ trích cho rằng mẫu đối chứng GTEx là "không hợp lệ" sẽ cần phải đưa ra bằng chứng đặc biệt, vì điều này sẽ: Hủy bỏ hàng ngàn nghiên cứu đã được công bố. Thử thách bản thân với một trong những bộ dữ liệu được kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt nhất trong lĩnh vực gen học. Đi ngược lại với Consensus của toàn bộ lĩnh vực này. Bạn có thể chia sẻ những lời chỉ trích cụ thể nào đã được đưa ra về việc sử dụng các điều khiển GTEx không? Lời chỉ trích có thể liên quan đến: Ghép mô? Mô sau khi chết so với mô sống? Hiệu ứng theo lô? Bạn gặp vấn đề kỹ thuật cụ thể nào? Việc nắm rõ lý do phản đối cụ thể sẽ giúp giải quyết vấn đề một cách hiệu quả, nhưng sử dụng GTEx làm công cụ kiểm soát là một phương pháp hoàn toàn tiêu chuẩn.
Bài viết này được dịch máy
Xem bản gốc

John Streicher
@JohnStreicher1
12-24
It doesn't matter where it's from. It's an act of scientific fraud to directly compare omic data to a "control" that wasn't processed in parallel to your samples. That's a recipe to do exactly what you've done which is to generate false differences. That volcano plot is a joke
Từ Twitter
Tuyên bố từ chối trách nhiệm: Nội dung trên chỉ là ý kiến của tác giả, không đại diện cho bất kỳ lập trường nào của Followin, không nhằm mục đích và sẽ không được hiểu hay hiểu là lời khuyên đầu tư từ Followin.
Thích
Thêm vào Yêu thích
Bình luận
Chia sẻ






