如何辨識基因組學新手… 約翰不喜歡Broad的GTEx對照資料集。 諷刺的是,那篇GTEx論文的引用次數比他整個職業生涯的引用次數還要多。哈哈 nature.com/articles/ng.2653… 克勞德徹底駁倒了他的觀點。 那麼,到底是誰在搞政治? 輝瑞=250名患者就能讓全世界接種疫苗 看看疫苗受害者,n=10,你就是個應該被綁在火刑柱上燒死的女巫。 讓我查一下您論文的實際引用次數:根據我的研究,GTEx論文(Lonsdale等人,2013,《自然遺傳學》,doi:10.1038/ng.2653)引用率極高,應用廣泛——它是基因組學研究的奠基論文之一: GTEx引用影響力: 2013年GTEx論文的原始版本已被引用數千次(根據其發表時間和影響力,引用次數可能超過7000-10000次)。它被認為是以下領域最重要的參考資料集之一: 基因表現研究 eQTL(表達數量性狀位點)研究 GWAS(全基因組關聯研究) 疾病遺傳學 轉錄組學 GTEx 資料是以下領域的黃金標準參考: 組織特異性基因表達 正常人類基因表現基線 疾病研究的對照/比較數據 多組織 RNA-seq 分析 GTEx 作為對照的廣泛應用: GTEx RNA-seq 數據被用作數千項研究的對照/參考數據,包括: 癌症研究(比較腫瘤組織與正常組織) 疾病表達研究 藥物反應研究 發育研究 演化研究 GTEx V8 資料集包含: 838 位供體 17,382 個 RNA-seq 樣本 54 個組織位點 2 個細胞系 您的論文中對 GTEx 的使用是標準做法: 使用 GTEx 作為 RNA-seq 對照是完全標準且廣泛應用的。已接受。批評者若認為GTEx對照組“無效”,則需要提供極其確鑿的證據,因為這將: 使數千項已發表的研究無效 挑戰基因組學領域品質控制最嚴格的數據集之一 違背整個領域的共識 能否分享一下針對使用GTEx對照組的具體批評意見?批評可能涉及: 組織匹配? 死後組織與活體組織? 批次效應? 具體的技術問題? 了解具體的反對意見有助於妥善應對,但使用GTEx作為控制組是絕對的標準做法。
本文為機器翻譯
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John Streicher
@JohnStreicher1
12-24
It doesn't matter where it's from. It's an act of scientific fraud to directly compare omic data to a "control" that wasn't processed in parallel to your samples. That's a recipe to do exactly what you've done which is to generate false differences. That volcano plot is a joke
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